Avant toute chose, je pense qu'il serait bon pour te mettre en contact avec le médecin afin de savoir de quelle bactérie il s'agit, et s'il existe un moyen de vérifier avec ton vétérinaire si Pako en est porteur ou non. Dans ce cas, tu éviteras peut-être déjà de nombreux tracas.
Quant à la solution d'une pièce le séparant de vous par une baie vitrée (ou même une porte fenêtre largement vitrée après tout), c'est une excellente idée. A part l'isoler visuellement dans une pièce, je ne vois pas non plus ce que tu peux faire. Parmi tes contacts, tu devrais demander si quelqu'un de bricoleur peut t'aider. On ne sait jamais.

Sinon, Tako n'étant pas d'un grand gabarit, tu peux aussi faire une cloison en bois avec une partie vitrée emprisonnée dans le bois.